In Wayang wordt het verhaal verteld van Novan, een Indische-Nederlander die zijn vaderland moet ontvluchten naar een onzekere toekomst in Nederland. In het heetst van de Bersiap vertrekken Novan en zijn familie aan boord van de Willem Ruis naar Rotterdam. Tijdens de overtocht, speelt Novan - 
bedreven in de kunst van wajang - dagelijks voor het slapengaan een schimmenspel voor zijn jonge zoon, Ron.

Bijna 35 jaar later, in 1980, is Ron eveneens vader. Hoewel hij in Nederland is opgegroeid, kampt hij met dezelfde demonen. In het verzorgen van de inmiddels bejaarde Novan en het grootbrengen van zijn eigen jonge dochter, Lucy, ziet hij dat de littekens van een versplinterde identiteit zich niet zo makkelijk doen vervagen. Het wajangspel verbindt deze drie generaties en helpt ze verzwegen trauma’s een plek te geven.